El Proyecto de Desarrollo Santiago -PRODESSA-, fue fundado en 1989 por los hermanos de La Salle Sebastián Farró (QEPD) y Oscar Azmitia, con el propósito de proporcionar apoyo a exalumnos del Instituto Intercultural Santiago a través de proyectos de desarrollo comunitario. Inició desarrollando procesos de agricultura sostenible en las comunidades de donde provenían los estudiantes del Instituto Santiago. Así mismo, empezó a crear programas de educación superior para que los graduados del Instituto Santiago tuvieran acceso a educación superior, a través de la Escuela Superior de Educación Integral Rural -ESEDIR-.

Durante la década de 1990, la institución acompañó a las y los retornados que se habían refugiado en México durante el conflicto armado interno. Es así que desde el fin de la guerra en 1996, PRODESSA ha trabajado junto a otras organizaciones y sociedad civil para apoyar el cumplimiento de los Acuerdos de Paz, especialmente en comunidades indígenas empobrecidas.

Han pasado ya 32 años desde su fundación y en este tiempo PRODESSA ha contribuido con la mejora de las condiciones de vida en diferentes territorios a través de dos grandes líneas de trabajo: educación pública de calidad y el desarrollo integral de comunidades rurales, especialmente indígenas. Además, una buena parte del trabajo de la organización se enfoca en incidir en el Ministerio de Educación para promover el derecho a la educación con políticas, programas y estrategias efectivas. También, contribuye al respeto de los derechos de las mujeres, especialmente su derecho a una vida libre de violencia.